De bestuurder van NCDO is sinds maart 2017 drs. Jan Bouke Wijbrandi. Hij was van 2001 tot 2008 lid van de directie van Oxfam Novib. Van 2008 tot 2016 was hij Algemeen Dircteur van UNICEF Nederland. Hij is lid van de Worldconnectors.

De Raad van Toezicht van NCDO bestaat uit de volgende personen:

• Voorzitter: Drs. Pieter van Geel, voormalig lid van de Tweede Kamer voor het CDA. Van 2007 tot 2010 fractievoorzitter van het CDA in de Tweede Kamer. De heer Van Geel was tussen 2002 en 2007 staatssecretaris van Volkshuisvesting, Ruimtelijke Ordening en Milieubeheer. 
• Vice-voorzitter: Drs. Jan Hoekema, voormalig lid van de Tweede Kamer en burgemeester van Wassenaar.
• Auditcommissie: Mr. Herman Mulder, voormalig Senior Executive Vice President Group Risk Management van de ABN AMRO Bank, lid van de Worldconnectors.